锦衣后卫，下辖广东、广西、云南、四川、贵州五个千户所。
锦衣左卫，下辖陕西、甘肃、宁夏、延绥、固原五个千户所。
锦衣右卫，下辖浙江、福建、湖广、河南、漕运五个千户所。
锦衣中卫，下辖南直隶、直隶、顺天、应天、苏松五个千户所。
所在驻地的锦衣千户所对驻地的各种情报都要加以搜集，尤其是事涉谋反、叛逆、贪墨、邪教等事情，直接同时锦衣都司向皇帝陈奏，同时所在地驻军粮饷兵仗、军容士气、军纪法规，也都是由锦衣卫负责，尤其是犯法士卒、军官，游击以下，许锦衣千户即行正法，游击以上，具折陈奏，等候圣裁。
除了厂卫之外，对于宿卫宫禁的系统，朱载坖也予以调整了，原来负责皇帝贴身侍卫和宿卫宫禁的红盔将军、明甲将军、大汉将军、府军前卫带刀官等，统一整编，设立侍卫处，专门负责宫禁宿卫等事，以定国公徐文壁、京卫都指挥使陆绎充领侍卫内大臣。
同时制定了轮番宿卫宫禁的原则，亲军诸卫、京营、御马监四卫营勇士营各抽一部，负责宫廷宿卫，每十五日轮换一次，朱载坖任命英国公张溶、武定侯郭守乾为领宿卫内大臣。
还有就是有关天下巡检司的管理，之前从孝宗开始，就大肆裁撤巡检司，朱载坖认为并不可取，这样会削弱朝廷对于地方的控制，巡检司的主要职能是所在地方的盗贼缉捕、治安巡防、震慑甚至镇压寇乱等，对于朝廷控制地方有很大好处。
所以朱载坖要求天下各府州县在要害之所、交通要道、土匪横行的地方设立巡检司，同时将巡检司归口到刑部管理，在刑部设立提督巡检衙门，由左侍郎提督之，在各省由按察佥事一人专门负责领导通省巡检司，在府州，同知或者通判负责本府州的巡检司管理，在县由县尉负责巡检司。
而对于巡检司的人手，之前是从地方征调的弓手、民壮充任，现在朱载坖认为这些弓手民壮战斗力实在是太差，而且这种无偿征发来的兵丁实在是没有什么斗志，朱载坖认为要优先安排各地的退伍士卒到巡检司去，而军中的小旗、总旗等基层军官，达到一定年限之后，也可以转任地方担任巡检。
朱载坖连续发布多个诏命，涉及到朝廷的方方面面，尤其是官制方面，使得内阁有些不安了，首辅李春芳上疏朱载坖，认为改革动作实在是太大了，百官和朝廷实在是一时之间难以接受，请求朱载坖暂缓推动各项改革措施。
而内阁大学士陈以勤也向朱载坖上书，认为朱载坖不仅要颁布诏书，制定则例，更重要的是要根据颁布的则例重新修订大明会典，陈以勤还建议，趁此机会，要修大明的官方正史。
对于陈以勤的上疏，朱载坖并没有第一时间予以回应，而是开始仔细思考起来陈以勤的用意了。自己这位陈师傅，这个时候怎么提出来修书了。