专案组对前期的侦查工作再一次进行了分析研究。大家一致认为，前期的侦查工作思路是正确的，侦查重点放在广州方向也无不妥。但广州方面的侦查工作除了委托澳门警方提供手机号码尚须等待外，其他方面已无继续工作的线索；上海方面的工作尚有潜力可挖。
因为：第一，在对广州某银行的调查过程中，曾发现上海有八笔款项的汇款人为林晓健的户名帐号，所以应查清这八笔款项的汇款人，以便从中获取与案件有关的线索；
第二，在案件发生以后不久，犯罪嫌疑人曾给裕顺房地产经营公司打电话，问那个“肥婆(指被害人周海琴）怎么样了？”接电话的保姆崔某某回答说：“已经死了”。因此还应到电信局查清当时的主叫机号码。
侦查人员经过大量工作将所有汇款人逐一找到，但是，他们的汇款账号虽然是同一个，而收款人却不是同一个人。当然，这些收款人的电话号码也就不同了。这说明澳门赌场的放款人是由多人组成的一个集团。本案中出现的梁某某只是其中之一。
经到上海电信局查询，由于他们没有设置被叫电话查询主叫电话的程序，因而侦查人员提出的查询要求无法进行。
时间已经过去了一个半月，侦破工作仍没有突破性进展。此时，经与澳门司法部门反复交涉，澳门方面终将00通话的详细信息传给了专案组。但由于澳门提供的手机信息只可以查询打出情况而没有打入人的号码，这就仍复难以发现作案人。
经对信息逐条梳理，又发现该手机在案发前后曾与广州地区41个手机频繁通话。专案组决定再赴广州，对这41个手机逐一调查。
经查发现其中一个号码为的手机（以下称一号手机）于3月25日至3月29日在上海漫游。通过这个手机又发现了另外三个号码为：（以下称二号手机）、（以下称三号手机）、（以下称四号手机）的手机。这四个手机相互联系频繁，且都是在3月25日至3月29日期间在上海漫游。
侦查人员紧紧抓住这一线索，一方面通过购机登记表查清机主；另一方面调查这四个手机在上海的使用情况。
此外，由于一号手机曾于3月25日至3月29日期间与西安和北京有过联系，专案组又派人赶到西安、北京调查被叫机主的情况。经查这些被叫机主在发案时段内并未离开过当地，其手机也未曾在上海漫游，将设法拿到的他们的照片带回辨认，从多方面否定了他们作案的可能性。在广州调查四个手机机主时，发现这些机主登记时使用的都是假姓名，这就使得调查工作-时难以继续。
后调查他们在上海的漫游情况，又发现了多个被叫机号。而这些被叫机号要么是假名字、要么登记的是假地址。调查工作面临重重阻力。但侦查人员没有灰心气馁，继续顽强地战斗。又经过了大量工作，终于发现西藏中路的李某某，在发案时段内二号和三号手机均与他联系过，专案组遂将他列为工作重点对象。充分发挥技侦的优势，在手机信息上大做“文章”。
经反复工作，查实3月28日在沪作案的人当中，一个名叫曾继军、一名王效中。专案组立即通过广州市公安局出人境管理处获取了工效中、曾继军两人照片，经周海琴儿子陈谋辨认，指认两人都是“3·28”行凶案犯。
与此同时，专案组又使用科技手段测定曾继军使用的2号3号手机正在北京活动。至此侦查工作有了重大突破。
专案组经过辗转广州、北京、西安、上海等地做了大量工作后，又一次赶赴北京。在北京市公安局的支持配合下，通过北京市饭店管理处联网信息系统，很快查明曾继军等人于6月25日至7月8日曾住宿“西苑宾馆”，专案组根据服务台住宿旅客登记资料，很快查明与曾继军一起住宿的还有张其进、刘志坚、陈伯生等人。
从所调取的这四人住宿期间使用房间电话的资料中，发现曾继军与北京市的一个bp机联系密切，通过向西苑宾馆有关人员调查获悉，曾继军等一行人是跟随中信国安旅行团一起离开的，现在有可能投宿“中旅大厦”。
但当侦查人员赶到中旅大厦时，他们刚刚办理了退房手续。这时曾继军的手机已经关闭，至此他们一伙人去向又呈扑朔迷离。唯一可以利用的线索就是曾与曾继军联系过的bp机了。从bp机的留言情况看，该机主人似乎是个女人，有可能是曾的女友。
据此专案组决定全天候控制这个bp机的信息。7月18日曾继军又一次打bp机，专案组截获了全部信息，从而知道曾继军等人已经到了青岛市。
繁华的青岛市宾馆、酒店林立，多不胜数。电请青岛市公安局查询又毫无结果。于是专案组在原先掌握的手机信息中继续查找线索。经查询发现四号手机曾于2月与青岛市市内通过电话，侦查员立即电话询问。结果了解到接电话的是青岛市“汇泉王朝大酒店”。根据这一线索专案组一方面立即请求青岛市公安局予予协助，另一方面大队人马火速飞往青岛。在青岛市公安局的大力协助下，于第二天凌晨将住在“汇泉王朝大酒店”18楼01、02、03、04房间的曾继军等四人一举抓获，并顺利押回上海。
经多次正面交锋，曾、张、刘三人分别供述了杀人犯罪事实。他们供称：广州人曾继军、江锦新(男、30岁)受雇佣，为讨回赌债，纠集张、刘等12人于3月25日从广州飞往上海，投宿上海市某宾馆。经多次踩点策划，3月28日下午12名罪犯嫌疑人分乘三辆出租车赶到死者周海琴办公地点，其中一人在门外望风，两人看住门卫，江、曾等五人闯入房内，在催讨债款未果的情况下，残忍地将周海琴杀死，将其子陈虎杀伤。而后迅速乘出租车分别向杭州、苏州等地逃窜。
至此，案情已基本明了，但江锦新等其他案犯尚未抓获，该案的一些背景及有关情况也尚须进一步查清。
为此，专案组对前期侦查中掌握的有关手机通话信息再一次进行了梳理，发现去年4、5月间江锦新使用的一个手机曾与湖南长沙的两手机有过联系。于是，侦查员又立即赶往长沙，通过对两个手机持有者的查证，获悉江锦新使用的手机机主是广州人陈树深。陈与一名叫“阿江”的人过从甚密，并掌握了陈树深新的的手机号码。在此基础上，专案组一方而要求广州警方对该手机进行全天候监控，另一方面再次派人赴粤。
12月27日专案组在当地警方协助下，在珠海大酒店将陈树深等人抓捕。
经审讯，基本搞清了该犯罪组织的内部情况：陈至雄、陈伯生兄弟两人系“老大”（陈至雄就是曾经威胁过裕顺房地产经营公司杨正军的“梁某某”)。曾继军是其手下的“行动组长”，专门负责上门讨债；江锦新则负责账务管理。今年初，陈至雄、陈伯生因杨正军欠债不还而大为恼火，遂指派曾继军、江锦新带领张、刘等12人抵沪逼债杀人。
至此，“3·28”特大凶杀案完全告破！